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Name : ccmF (CPS_1035) Accession : YP_267784.1 Strain : Colwellia psychrerythraea 34H Genome accession: NC_003910 Putative virulence/resistance : Unknown Product : cytochrome c-type biogenesis protein CcmF Function : - COG functional category : O : Posttranslational modification, protein turnover, chaperones COG ID : COG1138 EC number : - Position : 1060926 - 1062965 bp Length : 2040 bp Strand : + Note : identified by match to protein family HMM PF01578; match to protein family HMM TIGR00353 DNA sequence : ATGCCTGAGCTTATACCTGAACTCGGTCACTTAGCCCTTATAATTGCTTTAGCATTTGCTATTTGCTTAACTTTAATTCC GTTAATCGGTGTTCATAGTCCGGAGCAGAGTTCATTAAAGAAACTCATGACCTATGCTAGACCACTTGCTTACGGTATGT TTTTTTTCACTGGTATTAGTCTTGTCATTCTTGCCTATAGTTTTGTCGTTGATGATTTTTCTATTAAGTACATCGCCGGT CACTCAAATACCCATTTACCTTATTATTTTAAAATAAGCGCCGTTTGGGGCGGTCATGAAGGCTCATTATTGTTGTGGGT GTTCTCATTAACTGCATGGACTGCCGCCGTTGCGCGTTTTTCAAAAGGTATTGAAGAAGAGTTTATTTCCCGTGTTTTAG CTGTCATGGGCATGATTGCTATCGGATTTATCGCTTTTACTTTATTAACCTCCAATCCATTTGACCGTTTATGGCCGAAT GTGCCGATGGAAGGTCGTGATTTAAACCCATTATTACAAGATATTGGCTTAATTATTCATCCACCATTGTTATATCTTGG TTATGTTGGTTTTGCTGTTGCTTTTGCGTTTGCTGTTGCTGCTTTAATGGCGGGTAAAATGGATGCAGCATGGGCTCGCT GGTCTCGTCCTTGGACTGTCGGCGCGTGGGTGTGTTTAACATTAGGTATCGCGCTAGGTAGCTGGTGGGCATATTATGAA CTTGGCTGGGGCGGTTGGTGGTTCTGGGATCCTGTTGAAAATGCATCATTTATGCCTTGGCTGGTCGGTACTGCTCTGAT CCATTCTTTAGCGGTTACAGAAAAACGTGGCACTTTTAGAAACTGGACTATTTTACTGGCAATATTTGCTTTTGGTTTAA GTTTATTAGGTACCTTCTTAGTACGTTCTGGGGTGATTACTTCGGTACATTCTTTCGCTGCTGATCCTTCTCGCGGTATC TTTATACTTGTGATTCTTGCTATTGCTATAGGCGGCTCTTTAACGTTATACGCCTTTAGAGCGAGTACTGTGGCGAGCTT TTCTCGCTTCGCATTTTATTCACGTGAAACGGCACTATTATTGTGTAACGTTATTTTAGTTGTTGCAGCGGTAACCGTTC TTTTAGGCACTCTATATCCATTATTAGTTGATGCGTTAGGTTACGGGAAAATATCAGTGGGTCCTCCGTATTTTAATGCC GTTTTTGTTCCTATCATGAGTATTCTATTTATCATTATGGGAATAGGGCCTTTGATTCGTTGGAAAAAAGCGAAACAAGG CGAGTTACGTAAAAGACTTTTAAGTTCATCGGTATTTAGTATTGCTTTTGGTTTATTGTTTCCTGTGATTTATGGTGGCG AGTTCAATGCTTTGGTTGCTATGGGTATTACGTTAGCGACTTGGGTTTTCTTAGTGGTTGTTAAAGAAGTTAAAAATCAA TTTCAAACAGTAGGAAAATTAACGACAAGCCATATAGGCATGGCCACAGCTCATGCTGGTATTGCTATCACTATTGTTGG CGTTACCATCGTTTCAATGTATGAAAGCGAAACCAATGTAAAAATGGCGTTAAACGAAAGAGTAACTATTTCAGGTTACC AAATTGAGTTTAAAGGCATTAAACATGTTGAAGGCCCTAATTACAGTGCCGAGCAAGGACAAATTAATATCTATAAAGTT ACTGGCCCGAACGAAAGTGAATTCGTTAGTTTACTCAAACCGGAACGTCGCACTTACCGTGTACAAACGATGGGAATGAC TGAAGCCGGAATTGATCCTGGTTTGTTCCGTGACGTATATGTCGCTTTAGGTGATCCATTACCCGGTGGTGCGTGGGCAA TTCGAGTACATTATAAACCATTTGTTCGTTGGATCTGGTTAGGTGCAATTTTCATGGGCGCAGGTGGTATTTTATCAATG CTTGATAAACGCTATCGCCGTAAAAAAACTGTAGTTGTTAAGTCACCAGTTGTTGCTGACTCGTTGACAAACACAGTGGC TGCAACGCCAACGAATACGCCAAAAGTATCGGAGATATAG Protein sequence : MPELIPELGHLALIIALAFAICLTLIPLIGVHSPEQSSLKKLMTYARPLAYGMFFFTGISLVILAYSFVVDDFSIKYIAG HSNTHLPYYFKISAVWGGHEGSLLLWVFSLTAWTAAVARFSKGIEEEFISRVLAVMGMIAIGFIAFTLLTSNPFDRLWPN VPMEGRDLNPLLQDIGLIIHPPLLYLGYVGFAVAFAFAVAALMAGKMDAAWARWSRPWTVGAWVCLTLGIALGSWWAYYE LGWGGWWFWDPVENASFMPWLVGTALIHSLAVTEKRGTFRNWTILLAIFAFGLSLLGTFLVRSGVITSVHSFAADPSRGI FILVILAIAIGGSLTLYAFRASTVASFSRFAFYSRETALLLCNVILVVAAVTVLLGTLYPLLVDALGYGKISVGPPYFNA VFVPIMSILFIIMGIGPLIRWKKAKQGELRKRLLSSSVFSIAFGLLFPVIYGGEFNALVAMGITLATWVFLVVVKEVKNQ FQTVGKLTTSHIGMATAHAGIAITIVGVTIVSMYESETNVKMALNERVTISGYQIEFKGIKHVEGPNYSAEQGQINIYKV TGPNESEFVSLLKPERRTYRVQTMGMTEAGIDPGLFRDVYVALGDPLPGGAWAIRVHYKPFVRWIWLGAIFMGAGGILSM LDKRYRRKKTVVVKSPVVADSLTNTVAATPTNTPKVSEI |
| Gene | GenBank Accn | Product | Virulance or Resistance | PAI or REI | Alignment Type | E-val | Identity |
| ccmF | AAN62106.1 | putative cytochrome C-type biogenesis protein CcmF | Not tested | PAGI-2(C) | Protein | 3e-138 | 54 |
| ccmF | YP_217241.1 | cytochrome c-type biogenesis protein | Not tested | SPI-12 | Protein | 5e-129 | 51 |
