Gene Information

Name : Rmag_1006 (Rmag_1006)
Accession : YP_904183.1
Strain : Candidatus Ruthia magnifica Cm
Genome accession: NC_008610
Putative virulence/resistance : Unknown
Product : protein-export membrane protein SecD
Function : -
COG functional category : U : Intracellular trafficking, secretion and vesicular transport
COG ID : COG0342
EC number : -
Position : 1072310 - 1074157 bp
Length : 1848 bp
Strand : -
Note : TIGRFAM: protein-export membrane protein, SecD/SecF family; protein-export membrane protein SecD; PFAM: SecD/SecF/SecDF export membrane protein; KEGG: tcx:Tcr_1331 protein-export membrane protein SecD

DNA sequence :
ATGAATCATTACTCAAGGCTTAAGAATGCATTGATTATATTTGTTTTATTGCTTTCAATGTTGTACGCGTTGCCAAATAT
ATTCGGCTCTGATTTAGCAGTTCAAGTATCAAGTGTAGGAAATACTTTGATTGTTGACCAAGATTTGAATAAAATTAAAA
ATGTATTAAAAGCTCAACAAATTGAGTTTAAATCTGTTGAATTAACCAATCAAAGAATTTTGGTGCGGTTTAAGGATAAT
ACACAACAGCTTTTAGCTAAAGACGTGCTTAAGCAGGCATTAGGCCGTCGTTACGTGGTGGCGTTAAATTTAGCGCCTTC
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ACGGGTGAGAATATTACGGGTGCGGCGTCTAGTATTGATCAAGAAAATAACATTCCAATGGTGAATATCACACTTGATAG
TATTGGTGGTAGAGCAATGCTTAACACAACTAAAAAATACTTACATCATCGTATGGCAGTTGTCTTTATTGAAAATAAGG
TTGAAACCATAATTAAAAATGGAAAAACCATTAAGAAACATACCACCACTAGAGATATTATTAATGCTGCCACAATTCAG
AGTGCGTTTTCATCACGATTTCAAATTACAGGGATTGACAGTGCTCGGGAAGCTCGTAATTTAGCGTTATTATTAAGGGC
AGGCTCACTCTCGGCACCAATTGAAATTATTGAGGAACGCACCATTGGCCCAAGTCTTGGTGCGGATAATATTACTAAAG
GCATGACATCAGTATTGGTTGGGTTTGTTTTGGTTTTGTTATTTATGGCTATACGTTACCGTATATTTGGAATTGTGGCC
AATGTGGCTTTGACATTTAATTTGGTGATGATTGTGTCTGTTTTGTCTTTATTACAAGCCACACTGACATTGCCAGGTAT
TGCAGGTATTGTACTCACAGTAGGTATGGCGGTAGATGCCAATGTATTAATTTTTGAGCGTATTAAAGAAGAATTGTGCG
TAAATAGCAAAATTCAAAAAGCCATTTCAAACGGCTATGATAAAGCGTTACTGACCATTGCAGATGCTAATATTACAACA
TTAATTGCAGCATTAGTTTTATTTAGTTTTGGTACCGGGCCAATTAAAGGCTTTGCGATTACCTTGTCAATTGGTATTGT
TACTTCCATGTTTACAGCCATTATTGTCTCACGTGCAATCATTAATAAAATATACGGTGGTAAAAAGTTAGAGGAGATTT
CAATATGA

Protein sequence :
MNHYSRLKNALIIFVLLLSMLYALPNIFGSDLAVQVSSVGNTLIVDQDLNKIKNVLKAQQIEFKSVELTNQRILVRFKDN
TQQLLAKDVLKQALGRRYVVALNLAPSVPVWLTILGGKAMSLGLDLRGGVYFLLEVDMETVISALMNKVYNELRVLLRKD
RLYKSIKQENGSIVIRFKHAELKDKAAQLIKLELGDLVMLDNNSDELSLNIGISESAQRQAKKSALKQNITTLRNRVNEL
GVTEPIIQQSSERIMVQLPGVQDTARAKEILGTVATLEFRLVDEKNDPQIAIQSGRVPIGSKLYYFKDGSPLLLKDRVIT
TGENITGAASSIDQENNIPMVNITLDSIGGRAMLNTTKKYLHHRMAVVFIENKVETIIKNGKTIKKHTTTRDIINAATIQ
SAFSSRFQITGIDSAREARNLALLLRAGSLSAPIEIIEERTIGPSLGADNITKGMTSVLVGFVLVLLFMAIRYRIFGIVA
NVALTFNLVMIVSVLSLLQATLTLPGIAGIVLTVGMAVDANVLIFERIKEELCVNSKIQKAISNGYDKALLTIADANITT
LIAALVLFSFGTGPIKGFAITLSIGIVTSMFTAIIVSRAIINKIYGGKKLEEISI

• Homologs from PAI DB

GeneGenBank Accn Product Virulance or Resistance PAI or REI Alignment Type E-val Identity
secD AAT96039.1 SecD Not tested T-PAI Protein 1e-108 45
secD AAT96067.1 SecD Not tested T-PAI Protein 1e-108 45
secD AAT96119.1 SecD Not tested T-PAI Protein 1e-108 45
secD AAT96179.1 SecD Not tested T-PAI Protein 1e-108 45
secD AAT96103.1 SecD Not tested T-PAI Protein 1e-108 45