Gene Information

Name : lysS (SSDC_00075)
Accession : YP_008343654.1
Strain : Candidatus Profftella armatura DC
Genome accession: NC_021885
Putative virulence/resistance : Virulence
Product : lysyl-tRNA synthetase
Function : -
COG functional category : -
COG ID : -
EC number : 6.1.1.6
Position : 10395 - 11909 bp
Length : 1515 bp
Strand : -
Note : COG1190 Lysyl-tRNA synthetase (class II)

DNA sequence : 
ATGGATGAAAATACTATAATTTCTGAGAGACGTAATAAATTAAATTTATTACGAAAAAAAGGTTTTGCATTTCCTAATGA
TTTTTATCCAATACATAATGCTAATGATTTACATATACATTATGATAATACTGAAAATTTTATATTAAAACAAAAATCAA
TTTTTACTATAGTTGCCGGACGAATAATGCTCAAAAGAGTTATGGGGAAAATTTCATTTATCATGTTACAAGATACATCC
GGTCCAGATTCTAATGGTAAAATTCAATTATACATTTCTAACGAAATTATTGGTAAAAATTTATATACTGATTTCAAAAA
TTATGATATAGGAGATATTATTGGAGCAAAAGGAACTTTATTCAAAACTAATACAGGAGAATTATCTATAAAAGTATCAT
CACTAAAATTAATTACTAAATCATTACGACCACTTCCTAATAAATTTCAAAAATTATCTAATCAAGAAATTAAATATCGT
CACCGTTATATTGATTTAATTATAAATGAAAATACGCGAAAAGTTTTTAAAAAAAGAACGCAAATAATTTCTTCTATTAG
ACACTTTATGGAAAAAAATGATTTTATGGAAGTTGAAACACCAATATTACATAATAAACCTGGGGGGGCTATAGCTAAAC
CATTTATTACTCATCATAATTCTCTTAACATGAAAATGTTTTTAAGAATAGCTCCAGAATTATATCTAAAACGTCTTATA
ATTGGAGGATTTAATAAAATTTTTGAGATTAATAAAAATTTTCGTAATGAAGGAATTTCACCTAGACATAATCCTGAATT
TACAATGATAGAATTTTATGCTGCTTATACAAATTATATTTGGTTAATGAAATTTACAGAAAAAATGATTAAAAAAATAA
TAATGGATTGTATAGGTACCACTAAAATAGATTACCAAGGTCGTTTACTTGATTTTAGTAAATCATTTGAAAAATTAACT
ATTATTGAAGCTATAAAAAAATATACACCTCAATACAACGAAATAGATTTACAAAATAAATTATTTCTAAAATCTGAATT
AAAAAAAATTAATCCAAAATTTAATCAAAAAAAAATATTAAATAATTTAAAAAAAGATATATTACAACTCATGTTATTTG
AAGAAACTACCGAAACAAAACTTTGGAATCCAACTTATATTACTAATTATCCTACTGAAATTTCACCATTAGCTAGAAAA
TCAAATATAGAAAATAATAATATAACAGAACGTTTTGAGTTATTTATTATTGGAAATGAAATTGCTAATGGTTTTTCTGA
ATTAAATGATCCTGAAGAACAATCTGTTCGCTTTAAAAATCAAATTGATTTAAAAAATGAAATTAATGGAGAGTTATCTT
CTTATTATGATACAGATTATATTCATGCATTAGAATATGGTATGCCACCAGCTTCTGGTTGTGGAATTGGTGTTGATCGT
TTAATTATGTTATTAACTAACTCAAAAAACATTCGTGATGTCATTCTATTTCCTCATCTTCGAAACGAAAATTAA

Protein sequence : 
MDENTIISERRNKLNLLRKKGFAFPNDFYPIHNANDLHIHYDNTENFILKQKSIFTIVAGRIMLKRVMGKISFIMLQDTS
GPDSNGKIQLYISNEIIGKNLYTDFKNYDIGDIIGAKGTLFKTNTGELSIKVSSLKLITKSLRPLPNKFQKLSNQEIKYR
HRYIDLIINENTRKVFKKRTQIISSIRHFMEKNDFMEVETPILHNKPGGAIAKPFITHHNSLNMKMFLRIAPELYLKRLI
IGGFNKIFEINKNFRNEGISPRHNPEFTMIEFYAAYTNYIWLMKFTEKMIKKIIMDCIGTTKIDYQGRLLDFSKSFEKLT
IIEAIKKYTPQYNEIDLQNKLFLKSELKKINPKFNQKKILNNLKKDILQLMLFEETTETKLWNPTYITNYPTEISPLARK
SNIENNNITERFELFIIGNEIANGFSELNDPEEQSVRFKNQIDLKNEINGELSSYYDTDYIHALEYGMPPASGCGIGVDR
LIMLLTNSKNIRDVILFPHLRNEN

• Homologs from PAI DB

GeneGenBank Accn Product Virulance or Resistance PAI or REI Alignment Type E-val Identity
unnamed CAD66193.1 putative lysil-tRNA synthetase LysU Not tested PAI III 536 Protein 2e-117 50

• Homologs from VFDB (virulence genes)

GeneGenBank Accn Product ID of source DB Alignment Type E-val Identity
lysS YP_008343654.1 lysyl-tRNA synthetase VFG1668 Protein 1e-117 50