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Homologs of orf408 gene of NC_003197_P2

DNA-level

Hit (GenBank Accn)

Product

Source Genome

Eval.

Ident.(%)

1) SSPA1367a
( - )

NC_011147
(Salmonella enterica AKU12601)

0.0

98.8

2) SPA1471
( - )

NC_006511
(Salmonella enterica ATCC 9150)

0.0

98.8

3) STY1739
( - )

Putative ribokinase (pseudogene)

NC_003198
(Salmonella enterica CT18)

0.0

98.6

4) STBHUCCB_13420
( - )

NC_016832
(Salmonella enterica P-stx-12)

0.0

98.6

5) t1250
( - )

NC_004631
(Salmonella enterica Ty2)

0.0

98.6

• Sequence Alignments

1) SSPA1367a in NC_011147


>NC_003197_P2|4|G4|16764732|NP_460347.1|Salmonella_typhimurium_LT2|-|3067..4293|orf408|STM1382|regulatory 
          Length = 1227

 Score = 2343 bits (6047), Expect = 0.0
 Identities = 1212/1227 (99%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 1    atgtttaaagaagaaagacgtcatgccatcattaatttactgataaaggataatagtgtt 60
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1    atgtttaaagaagaaagacgtcatgccatcattaatttactgataaaggataatagtgtt 60

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            ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 121  cgctatttccagaaatcaggtatgcttcagcgttgctatggcggagggattttaaaccgt 180
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 181  gacgcgctgagtaagcttatcactgaaaataagattgatatctccagcactatcgccacg 240
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 181  gacgcgctgagtaagcttatcactgaaaataagattgatatctccagcactatcgccacg 240

Query: 241  ccaatccatcaggatgcaaaactgcgccgggaaaacacaaaaaaagcaggcaaggtgtgt 300
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct: 241  ccaatccatcaggatgcaaaactgcgccgggaaaacccaaaaaaagcaggcaaggtgtgt 300

Query: 301  gttttaggctcatttaatattgatgtttcagcaaccgtgccgtggtttccacaaagcgga 360
            |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 361  taatccattctggccagtcaatttggattctatcctggcggtaaaggagccaaccaggct 420
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
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Query: 421  ttagcggcaaacaatgccggcgctgcggcacattttatttttaaagtgggtaaagatcag 480
            |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
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Query: 481  ttcagcgcatttgctatgaatcatattattcaatcaggcatcacctcatacagcgcgtat 540
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 541  caaacagataaagcgcccaccggtagcgcattgatctatgtctccgccgtggatagcgat 600
            |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
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Query: 601  aatattatcgccatctaccctggcgccaatatgatgctcaccacgcaagagattaatgag 660
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 661  caacaccgttatatcgccgagtctgacgttatgttaatgcagctcgaaacgaacattgaa 720
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 721  gcgttgactgaatttattcgtctgggcaaacaagaaaataaaatgatcatgctgaaccct 780
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 781  gccccctatacgaaacaggtgacgcatttattatctgatattgacatcatcacgccgaat 840
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 781  gccccctatacgaaacaggtgacgcatttattatctgatattgacatcatcacgccgaat 840

Query: 841  gaaactgaagcctcttttttatccggcgtaaccattactgatattaatgatgcgaaaaaa 900
            |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
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Query: 901  gccggaaatattattctgcaatccggggtgaaaaaagtcatcattacccttggcgcccgt 960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 961  ggctctctgctctgtgagcacgcccgcacgttgtatattcctgcgtggagcgccgtggta 1020
            ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 1021 aaagatgccgctggggccggtgacgcttttaatggcgccttagccgccgcgctggcgcga 1080
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 1081 caagcagacatggtcgctgccattcaatatgcctccgctttcgcttctctggcggtggaa 1140
            ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 1141 caagtcggtgcgtcgagtatgcctcagcacttgcaggttttacatcgaatgcgtacccaa 1200
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 1201 tctaataaagtcattaacattaattaa 1227
            ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct: 1201 tctaataaagtcattcacattaattaa 1227

2) SPA1471 in NC_006511


>NC_003197_P2|4|G4|16764732|NP_460347.1|Salmonella_typhimurium_LT2|-|3067..4293|orf408|STM1382|regulatory 
          Length = 1227

 Score = 2343 bits (6047), Expect = 0.0
 Identities = 1212/1227 (99%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 1    atgtttaaagaagaaagacgtcatgccatcattaatttactgataaaggataatagtgtt 60
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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            ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 241  ccaatccatcaggatgcaaaactgcgccgggaaaacacaaaaaaagcaggcaaggtgtgt 300
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
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Query: 301  gttttaggctcatttaatattgatgtttcagcaaccgtgccgtggtttccacaaagcgga 360
            |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
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Query: 421  ttagcggcaaacaatgccggcgctgcggcacattttatttttaaagtgggtaaagatcag 480
            |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
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            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 541  caaacagataaagcgcccaccggtagcgcattgatctatgtctccgccgtggatagcgat 600
            |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct: 541  caaacagataaagcacccaccggtagcgcattgatctatgtctccgccgtggatggcgat 600

Query: 601  aatattatcgccatctaccctggcgccaatatgatgctcaccacgcaagagattaatgag 660
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 721  gcgttgactgaatttattcgtctgggcaaacaagaaaataaaatgatcatgctgaaccct 780

Query: 781  gccccctatacgaaacaggtgacgcatttattatctgatattgacatcatcacgccgaat 840
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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            |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
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            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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            ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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            ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct: 1201 tctaataaagtcattcacattaattaa 1227

3) STY1739 in NC_003198


>NC_003197_P2|4|G4|16764732|NP_460347.1|Salmonella_typhimurium_LT2|-|3067..4293|orf408|STM1382|regulatory 
          Length = 1227

 Score = 2314 bits (5972), Expect = 0.0
 Identities = 1202/1227 (98%)
 Strand = Plus / Plus

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            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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            ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
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            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 361  gaatccattctggccagtcaatttggattctatcctggcggtaaaggagccaaccaggct 420
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
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            |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
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            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct: 481  ttcagcgcatttgctatgaatcatattattcaatcaggcatcacctcatacagcgcgtat 540

Query: 541  caaacagataaagcgcccaccggtagcgcattgatctatgtctccgccgtggatggcgat 600
            |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 541  caaacagataaagcacccaccggtagcgcattgatctatgtctccgccgtggatggcgat 600

Query: 601  aatattatcgccatctaccctggcgccaatatgatgctcaccacgcaagagattaacgag 660
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            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Sbjct: 721  gcgttgactgaatttattcgtctgggcaaacaagaaaataaaatgatcatgctgaaccct 780

Query: 781  gccccctatacgaaacaggtgacgcatttattatctgatattgacatcatcacgccgaat 840
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 781  gccccctatacgaaacaggtgacgcatttattatctgatattgacatcatcacgccgaat 840

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Query: 901  gccggaaatattattctgcaatccggggtgaaaaaagtcatcattacccttggcgcccgt 960
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            || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 1021 aaagatgccgccgg--------acgcttttaatggcgccttagccgccgcgctggcgcga 1072
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Query: 1073 caagcagatatggtcgcagccattcaatatgcctccgctttcgcttctctggcggtggaa 1132
            |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 1193 tctaataaagtcattcacattaattaa 1219
            |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1201 tctaataaagtcattcacattaattaa 1227

4) STBHUCCB_13420 in NC_016832


>NC_003197_P2|4|G4|16764732|NP_460347.1|Salmonella_typhimurium_LT2|-|3067..4293|orf408|STM1382|regulatory 
          Length = 1227

 Score = 2314 bits (5972), Expect = 0.0
 Identities = 1202/1227 (98%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 1    atgtttaaagaagaaagacgtcatgccatcattaatttactgataaaggataatagtgtt 60
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1    atgtttaaagaagaaagacgtcatgccatcattaatttactgataaaggataatagtgtt 60

Query: 61   agcgtcagtaaactttcagacctttataaggttagccaggagactattcgttccgatcta 120
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 61   agcgtcagtaaactttcagacctttataaggttagccaggagactattcgttccgatcta 120

Query: 121  cgctatttccagaaatcaggtatgcttcagcgttgctatggcggagggattttaaaccgt 180
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 121  cgctatttccagaaatcaggtatgcttcagcgttgctatggcggagggattttaaaccgt 180

Query: 181  gacgcgctgagtaagcttatcactgaaaataagattgatatctccagcactatcgccacg 240
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 181  gacgcgctgagtaagcttatcactgaaaataagattgatatctccagcactatcgccacg 240

Query: 241  ccaatccatcaggatgcaaaactgcaccgggaaaacacaaaaaaagcaggcaaggtgtgt 300
            ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct: 241  ccaatccatcaggatgcaaaactgcgccgggaaaacccaaaaaaagcaggcaaggtgtgt 300

Query: 301  gttttaggctcattcaatattgatgtttcagcaaccgtgccgtggtttccacaaagcgga 360
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 301  gttttaggctcattcaatattgatgtttcagcaaccgtgccgtggtttccacaaagcgga 360

Query: 361  gaatccattctggccagtcaatttggattctatcctggcggtaaaggagccaaccaggct 420
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Sbjct: 361  gaatccattctggccagtcaatttggattctatcctggaggtaaaggagccaaccaggct 420

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