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Homologs of rbsk gene of NC_006905_P3

DNA-level

Hit (GenBank Accn)

Product

Source Genome

Eval.

Ident.(%)

1) SSPA1367a
( - )

NC_011147
(Salmonella enterica AKU12601)

0.0

98.4

2) SPA1471
( - )

NC_006511
(Salmonella enterica ATCC 9150)

0.0

98.4

3) STY1739
( - )

Putative ribokinase (pseudogene)

NC_003198
(Salmonella enterica CT18)

0.0

98.8

4) STBHUCCB_13420
( - )

NC_016832
(Salmonella enterica P-stx-12)

0.0

98.8

5) t1250
( - )

NC_004631
(Salmonella enterica Ty2)

0.0

98.8

• Sequence Alignments

1) SSPA1367a in NC_011147


>NC_006905_P3|6|G5|62179973|YP_216390.1|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Choleraesuis_str._SC-B67|-|4881..6107|rbsk|SC1403|DeoR 
          Length = 1227

 Score = 2333 bits (6019), Expect = 0.0
 Identities = 1207/1227 (98%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 1    atgtttaaagaagaaagacgtcatgccatcattaatttactgataaaggataatagtgtt 60
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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            ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
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Query: 121  cgctatttccagaaatcaggtatgcttcagcgttgctatggcggagggattttaaaccgt 180
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 181  gacgcgctgagtaagcttatcactgaaaataagattgatatctccagcactatcgccacg 240
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 241  ccaatccatcaggatgcaaaactgcgccgggaaaacacaaaaaaagcaggcaaggtgtgt 300
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 301  gttttaggctcatttaatattgatgtttcagcaaccgtgccgtggtttccacaaagcgga 360
            |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 361  taatccattctggccagtcaatttggattctatcctggcggtaaaggagccaaccaggct 420
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 421  ttagcggcaaacaatgccggcgctgcggcacattttatttttaaagtgggtaaagatcag 480
            |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
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Query: 481  ttcagcgcatttgctatgaatcatattattcaatcaggcatcacctcatacagcgcgtat 540
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
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Query: 541  caaacagataaagcgcccaccggtagcgcattgatctatgtctccgccgtggatagcgat 600
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
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Query: 601  aatattatcgccatctaccctggcgccaatatgatgctcaccacgcaagagattaatgag 660
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
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Query: 661  caacaccgttatatcgccgagtctgacgttatgttaatgcagctcgaaacgaacattgaa 720
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 721  gcgttgactgaatttattcgtctgggcaaacaagaaaataaaatgatcatgctgaaccct 780
            |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||
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Query: 781  gccccctatacgaaacaggtgacgcatttattatctgatattgacatcatcacgccgaat 840
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 841  gaaactgaagcctcttttttatccggcgtaaccattactgatattaatgatgcgaaaaaa 900
            |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
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Query: 901  gccggaaatattattctgcaatccggggtgaaaaaagtcatcattacccttggcgcccgt 960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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            || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 1021 aaagatgccgctggggccggtgacgcttttaatggcgccttagccgccgcgctggcgcga 1080
            ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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            ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 1201 tctaataaagtcattaacattaattaa 1227
            ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct: 1201 tctaataaagtcattcacattaattaa 1227

2) SPA1471 in NC_006511


>NC_006905_P3|6|G5|62179973|YP_216390.1|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Choleraesuis_str._SC-B67|-|4881..6107|rbsk|SC1403|DeoR 
          Length = 1227

 Score = 2333 bits (6019), Expect = 0.0
 Identities = 1207/1227 (98%)
 Strand = Plus / Plus

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            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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            |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
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            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
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            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
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            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Sbjct: 1201 tctaataaagtcattcacattaattaa 1227

3) STY1739 in NC_003198


>NC_006905_P3|6|G5|62179973|YP_216390.1|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Choleraesuis_str._SC-B67|-|4881..6107|rbsk|SC1403|DeoR 
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 Strand = Plus / Plus

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            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query: 361  gaatccattctggccagtcaatttggattctatcctggcggtaaaggagccaaccaggct 420
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Query: 541  caaacagataaagcgcccaccggtagcgcattgatctatgtctccgccgtggatggcgat 600
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Sbjct: 541  caaacagataaagcgcccaccggtagcgcattgatctatgtctccgccgtggatggcgat 600

Query: 601  aatattatcgccatctaccctggcgccaatatgatgctcaccacgcaagagattaacgag 660
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            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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            || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Sbjct: 1201 tctaataaagtcattcacattaattaa 1227

4) STBHUCCB_13420 in NC_016832


>NC_006905_P3|6|G5|62179973|YP_216390.1|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Choleraesuis_str._SC-B67|-|4881..6107|rbsk|SC1403|DeoR 
          Length = 1227

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 Identities = 1204/1227 (98%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 1    atgtttaaagaagaaagacgtcatgccatcattaatttactgataaaggataatagtgtt 60
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1    atgtttaaagaagaaagacgtcatgccatcattaatttactgataaaggataatagtgtt 60

Query: 61   agcgtcagtaaactttcagacctttataaggttagccaggagactattcgttccgatcta 120
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct: 61   agcgtcagtaaactttcagacctttataaggttagccaggagaccattcgttccgatcta 120

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Sbjct: 181  gacgcgctgagtaagcttatcactgaaaataagattgatatctccagcactatcgccacg 240

Query: 241  ccaatccatcaggatgcaaaactgcaccgggaaaacacaaaaaaagcaggcaaggtgtgt 300
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Sbjct: 241  ccaatccatcaggatgcaaaactgcgccgggaaaacacaaaaaaagcaggcaaggtgtgt 300

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Sbjct: 301  gttttaggctcattcaatattgatgtttcagcaaccgtgccgtggtttccacaaagcgga 360

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