Homolog Viewer

PAthogenisity Island DataBase (PAI DB)

Home PAIs REIs Genomes Search Links

Homologs of ttrS gene of NC_004631_P1

DNA-level

Hit (GenBank Accn)

Product

Source Genome

Eval.

Ident.(%)

1) ttrS
( - )

TtrS protein (pseudogene)

NC_003198
(Salmonella enterica CT18)

0.0

100

2) ttrS
( - )

NC_016831
(Salmonella enterica RKS5078)

0.0

98.7

• Sequence Alignments

1) ttrS in NC_003198


>NC_004631_P1|9|G7|29141715|NP_805057.1|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhi_Ty2|+|11211..12989|ttrS|t1254|hypothetical 
          Length = 1779

 Score = 3484 bits (8990), Expect = 0.0
 Identities = 1774/1779 (100%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 1    gtgagaggtaaaaccgtaaggcgcctggcggtgttggcggcagtagggctactttgtcat 60
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1    gtgagaggtaaaaccgtaaggcgcctggcggtgttggcggcagtagggctactttgtcat 60

Query: 61   ggcgcgtgggcagggacgtggaatatcggtattttggccatgcgcggcgaggcgtctacg 120
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 61   ggcgcgtgggcagggacgtggaatatcggtattttggccatgcgcggcgaggcgtctacg 120

Query: 121  cgtagccactggcaaccgttggcaaagacattaagccaacagcttccaggcgaaaccttt 180
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 121  cgtagccactggcaaccgttggcaaagacattaagccaacagcttccaggcgaaaccttt 180

Query: 181  cacatccagccgctggatctgcatcaaatgcaggaggccgttaaccagggaaccgtgcag 240
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 181  cacatccagccgctggatctgcatcaaatgcaggaggccgttaaccagggaaccgtgcag 240

Query: 241  tttgtgataaccaacccggcgcaatttgtccaactgaacagccatgcgccgctgcgctgg 300
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 241  tttgtgataaccaacccggcgcaatttgtccaactgaacagccatgcgccgctgcgctgg 300

Query: 301  ttagcttccctgcgttccacgcgcgatgggaaagcggtgagcaatgttattggcagcgtg 360
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 301  ttagcttccctgcgttccacgcgcgatgggaaagcggtgagcaatgttattggcagcgtg 360

Query: 361  attttgacccggcgcgatagcggcatcaccacggcgcatgatctcatcggtaagacagtc 420
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 361  attttgacccggcgcgatagcggcatcaccacggcgcatgatctcatcggtaagacagtc 420

Query: 421  ggcgcgattgatgctcaggcgtttggcggctatttattaggctataaagcgctcagcgac 480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 421  ggcgcgattgatgctcaggcgtttggcggctatttattaggctataaagcgctcagcgac 480

Query: 481  gcgggcttacgcccggagcgcgattttcatcttcgttttaccggatttcctggcgatgcc 540
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 481  gcgggcttacgcccggagcgcgattttcatcttcgttttaccggatttcctggcgatgcc 540

Query: 541  ttaatctatatgctgcgcgaaaaagcggtgcaggcggcaattgtgccagtgtgcctgtta 600
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 541  ttaatctatatgctgcgcgaaaaagcggtgcaggcggcaattgtgccagtgtgcctgtta 600

Query: 601  gaaaatatggatcaggaaggattgattaataaaaaggactttatcgcgctgctttcccga 660
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 601  gaaaatatggatcaggaaggattgattaataaaaaggactttatcgcgctgctttcccga 660

Query: 661  ccgacgcccctgccttgcttaaccagtacgccgttatatcctgactggtcgttcgcggcg 720
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 661  ccgacgcccctgccttgcttaaccagtacgccgttatatcctgactggtcgttcgcggcg 720

Query: 721  ctacctgcggtaagcgatgcgctggcggatcgcgtaacgcgagcgctattcaacgcgccc 780
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 721  ctacctgcggtaagcgatgcgctggcggatcgcgtaacgcgagcgctattcaacgcgccc 780

Query: 781  gccgccgcgtcatttcactggggcgcgccagcgtcgaccagtcaggtggaagcgttgctg 840
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 781  gccgccgcgtcatttcactggggcgcgccagcgtcgaccagtcaggtggaagcgttgctg 840

Query: 841  cgtgatgttcgtcagcaccctcagcagcgtcgactgtggctggatgtcaaaagttggtta 900
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 841  cgtgatgttcgtcagcaccctcagcagcgtcgactgtggctggatgtcaaaagttggtta 900

Query: 901  atccagcaccagctaatggtcggcggcgtgattttggcgttcctgttgctcacgctcaat 960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 901  atccagcaccagctaatggtcggcggcgtgattttggcgttcctgttgctcacgctcaat 960

Query: 961  tatatttgggtcatgctgctggtgcgtcgacgtggaaagcaactggaacgtaatagcgta 1020
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 961  tatatttgggtcatgctgctggtgcgtcgacgtggaaagcaactggaacgtaatagcgta 1020

Query: 1021 gttcttcatcagcatgagcgggcgctggaaaccgcccggcaaatgagcgtgttgggtgaa 1080
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1021 gttcttcatcagcatgagcgggcgctggaaaccgcccggcaaatgagcgtgttgggtgaa 1080

Query: 1081 atgacctccgggtttgcccatgagcttaatcagccgctttccgcgattcgacattatgcc 1140
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1081 atgacctccgggtttgcccatgagcttaatcagccgctttccgcgattcgacattatgcc 1140

Query: 1141 caggggtgcctgattcgactgcgcgctgcagatgaacagcatcccttgctgccggcgctg 1200
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1141 caggggtgcctgattcgactgcgcgctgcagatgaacagcatcccttgctgccggcgctg 1200

Query: 1201 gagcagattgaccagcaggcgcaacgcggtgcggatactctgcgtaacctgcgtcactgg 1260
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1201 gagcagattgaccagcaggcgcaacgcggtgcggatactctgcgtaacctgcgtcactgg 1260

Query: 1261 gtcagccaggcgcagggcaacccggtgctaaccgaagcgtggaaggccatagccattcgc 1320
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1261 gtcagccaggcgcagggcaacccggtgctaaccgaagcgtggaaggccatagccattcgc 1320

Query: 1321 gaggcgattgatcatgtctggcaattgttgcgtatggcgcaacaatttccgacagtgact 1380
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1321 gaggcgattgatcatgtctggcaattgttgcgtatggcgcaacaatttccgacagtgact 1380

Query: 1381 ctgcataccgaggttagcg-----ctgcgcgtaacgctgccgtcagtgctgctggaacag 1435
            |||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1381 ctgcataccgaggttagcgctgcgctgcgcgtaacgctgccgtcagtgctgctggaacag 1440

Query: 1436 gtgctggcgaatatcattcttaatgcggctcaggcgggcgccacccatttatgggtcgtt 1495
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1441 gtgctggcgaatatcattcttaatgcggctcaggcgggcgccacccatttatgggtcgtt 1500

Query: 1496 gctgaacgcactgaaaacggcatcagtattgttttacaggataacgccgggggaatcgac 1555
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1501 gctgaacgcactgaaaacggcatcagtattgttttacaggataacgccgggggaatcgac 1560

Query: 1556 gaggcgctattacgtcaggcgtttcagccgtttatgaccacccgtaaagaggggatgggc 1615
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1561 gaggcgctattacgtcaggcgtttcagccgtttatgaccacccgtaaagaggggatgggc 1620

Query: 1616 ttagggctggcgatttgccagcggctggtgcggtatgggcggggcgatatcagcatcagg 1675
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1621 ttagggctggcgatttgccagcggctggtgcggtatgggcggggcgatatcagcatcagg 1680

Query: 1676 aaccagaccgcgccggacggtctgtcgggaacggtggtcacgatacatttcttacatgaa 1735
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1681 aaccagaccgcgccggacggtctgtcgggaacggtggtcacgatacatttcttacatgaa 1740

Query: 1736 catgggggcagggatggcgacaattcatctactggatga 1774
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1741 catgggggcagggatggcgacaattcatctactggatga 1779

2) ttrS in NC_016831


>NC_004631_P1|9|G7|29141715|NP_805057.1|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhi_Ty2|+|11211..12989|ttrS|t1254|hypothetical 
          Length = 1779

 Score = 3370 bits (8697), Expect = 0.0
 Identities = 1726/1750 (99%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 1    gtgttggcggcagtagggctactttgtcatggcgcgtgggcagggacgtggaatatcggt 60
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 31   gtgttggcggcagtagggctactttgtcatggcgcgtgggcagggacgtggaatatcggt 90

Query: 61   attttggccatgcgcggcgaggcgtctacgcgtagccactggcaaccgttggcaaagaca 120
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 91   attttggccatgcgcggcgaggcgtctacgcgtagccactggcaaccgttggcaaagaca 150

Query: 121  ttaagccaacagcttccaggcgaaacctttcatatccagccgctggatctgcatcaaatg 180
            |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 151  ttaagccaacagcttccaggcgaaacctttcacatccagccgctggatctgcatcaaatg 210

Query: 181  caggaagccgttaaccagggaaccgtgcagtttgtgataaccaacccggcgcaatttgtc 240
            ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 211  caggaggccgttaaccagggaaccgtgcagtttgtgataaccaacccggcgcaatttgtc 270

Query: 241  caactgaacagccatgcgccgctgcgctggttagcttccctgcgttccacgcgcgatggg 300
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 271  caactgaacagccatgcgccgctgcgctggttagcttccctgcgttccacgcgcgatggg 330

Query: 301  aaagcggtgagtaatgttattggcagcgtgattttgacccggcgcgatagcggcatcacc 360
            ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 331  aaagcggtgagcaatgttattggcagcgtgattttgacccggcgcgatagcggcatcacc 390

Query: 361  acggcgcatgatctcatcggtaagacagtcggcgcgattgatgctcaggcgtttggcggc 420
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 391  acggcgcatgatctcatcggtaagacagtcggcgcgattgatgctcaggcgtttggcggc 450

Query: 421  tatttattaggctataaagcgctcagcgacgcgggcttacgcccggagcgcgattttcat 480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 451  tatttattaggctataaagcgctcagcgacgcgggcttacgcccggagcgcgattttcat 510

Query: 481  cttcgttttaccggatttcctggcgatgccttagtctatatgctgcgcgaaaaagcggtg 540
            ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 511  cttcgttttaccggatttcctggcgatgccttaatctatatgctgcgcgaaaaagcggtg 570

Query: 541  caggcggcaattgtgccagtgtgcctgttagaaaatatggatcaggaaggattgattaat 600
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 571  caggcggcaattgtgccagtgtgcctgttagaaaatatggatcaggaaggattgattaat 630

Query: 601  aaaaaggactttatcgcgctgctttcccgaccgacgccactgccttgcttaaccagtacg 660
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct: 631  aaaaaggactttatcgcgctgctttcccgaccgacgcccctgccttgcttaaccagtacg 690

Query: 661  ccgttatatcctgactggtcgttcgcggcgctacctgcggtaagcgatgcgctggcggat 720
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 691  ccgttatatcctgactggtcgttcgcggcgctacctgcggtaagcgatgcgctggcggat 750

Query: 721  cgcgtaacgcgagcgctattcaacgcgcccgccgccgcgtcatttcactggggcgcgcca 780
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 751  cgcgtaacgcgagcgctattcaacgcgcccgccgccgcgtcatttcactggggcgcgcca 810

Query: 781  gcgtcgaccagtcaggtggaagctttgctgcgtgatgttcgtcagcaccctcagcagcgc 840
            ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct: 811  gcgtcgaccagtcaggtggaagcgttgctgcgtgatgttcgtcagcaccctcagcagcgt 870

Query: 841  cgactgtggctggatgtcaaaagttggttaatccagcaccagctaatggtcggtggcgtg 900
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct: 871  cgactgtggctggatgtcaaaagttggttaatccagcaccagctaatggtcggcggcgtg 930

Query: 901  attctggcgttcctgttgctcacgctcaattatatttgggtcatgctgctggtgcgtcga 960
            ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 931  attttggcgttcctgttgctcacgctcaattatatttgggtcatgctgctggtgcgtcga 990

Query: 961  cgcggaaaacaactggaacgtaataatgtagtccttcatcagcatgagcggggcgctgga 1020
            || ||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct: 991  cgtggaaagcaactggaacgtaatagcgtagttcttcatcagcatgagcggg-cgctgga 1049

Query: 1021 aaccgcccggcaaatgagcgtgttgggtgaaatgacctccgggtttgcccatgagcttaa 1080
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1050 aaccgcccggcaaatgagcgtgttgggtgaaatgacctccgggtttgcccatgagcttaa 1109

Query: 1081 tcagccgctttccgcgattcgacattatgcccaggggtgcctgattcgactgcgcgctgc 1140
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1110 tcagccgctttccgcgattcgacattatgcccaggggtgcctgattcgactgcgcgctgc 1169

Query: 1141 agatgaacagcatcccttgctgccggcgctggagcagattgaccagcaggcgcaacgcgg 1200
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1170 agatgaacagcatcccttgctgccggcgctggagcagattgaccagcaggcgcaacgcgg 1229

Query: 1201 tgcggatactctgcgtaacctgcgtcactgggtcagccaggcgcagggcaacccggtgct 1260
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1230 tgcggatactctgcgtaacctgcgtcactgggtcagccaggcgcagggcaacccggtgct 1289

Query: 1261 aaccgaagcgtggaaggccatagccattcgcgaggcgattgatcatgtctggcaattgtt 1320
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1290 aaccgaagcgtggaaggccatagccattcgcgaggcgattgatcatgtctggcaattgtt 1349

Query: 1321 gcgtatggcgcaacagtttccgacagtgactctgcataccgaggttagcgctgcgctgcg 1380
            ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1350 gcgtatggcgcaacaatttccgacagtgactctgcataccgaggttagcgctgcgctgcg 1409

Query: 1381 cgtaacgctgccgtcagtgctgctggaacaggtactggcgaatatcattcttaatgcggc 1440
            ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1410 cgtaacgctgccgtcagtgctgctggaacaggtgctggcgaatatcattcttaatgcggc 1469

Query: 1441 tcaggcgggcgccacccatttatgggtcgttgctgaacgcactgaacacggcatcagtat 1500
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct: 1470 tcaggcgggcgccacccatttatgggtcgttgctgaacgcactgaaaacggcatcagtat 1529

Query: 1501 cgctttacaggataacgccgggggaatcgatgaggcgctattacgtcaggcgtttcagcc 1560
             | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1530 tgttttacaggataacgccgggggaatcgacgaggcgctattacgtcaggcgtttcagcc 1589

Query: 1561 gtttatgaccacccgcaaagaggggatgggcttagggctggcgatttgccagcggctggt 1620
            ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1590 gtttatgaccacccgtaaagaggggatgggcttagggctggcgatttgccagcggctggt 1649

Query: 1621 gcggtatgggcggggcgatatcagtatcaggaaccagaccgcgccggacggtctgtcggg 1680
            |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1650 gcggtatgggcggggcgatatcagcatcaggaaccagaccgcgccggacggtctgtcggg 1709

Query: 1681 aacggtggtcacgatacatttcttacatgaaaatgggggcagggatggcgacaattcatc 1740
            ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1710 aacggtggtcacgatacatttcttacatgaacatgggggcagggatggcgacaattcatc 1769

Query: 1741 tactggatga 1750
            ||||||||||
Sbjct: 1770 tactggatga 1779